论文查重软件的使用流程包括上传论文、选择查重设置、等待系统分析、查看查重结果等几个步骤。首先，登录论文查重软件网站，注册账号并登录。然后，点击上传论文按钮，选择需要查重的论文文件进行上传。接下来，根据需要选择查重设置，如选择排除引用、排除参考文献等。系统会自动进行文本分析，分析完成后即可查看查重结果。最后，查看系统生成的查重报告，了解论文的重复率和重复部分，并进行相应的修改和处理。

在使用论文查重软件时，需要注意保护个人隐私和文献版权，避免将论文泄露给他人或用于不正当用途。此外，在上传论文前应确保文档格式正确，避免因格式问题导致无法正常上传。在选择查重设置时，根据实际需要选择合适的设置，以确保查重结果的准确性。最后，在查看查重结果时，应仔细分析重复部分，对于误判的部分可以进行人工核对，确保查重结果的可靠性。