论文查重软件的使用流程包括上传论文、选择查重设置、等待系统分析、查看查重报告等步骤。首先，打开论文查重软件，登录账户后，点击上传论文按钮，选择要查重的论文文件并上传。接着，根据需要选择查重设置，比如排除引用部分、设置重复率阈值等。然后，等待系统分析论文相似度，通常会在几分钟内完成。最后，查看生成的查重报告，了解论文的重复率、重复部分所在位置等详细信息。

在使用论文查重软件的过程中，还需要注意一些问题。首先，确保上传的论文格式正确，通常支持的格式包括doc、docx、pdf等。其次，要及时保存查重报告，方便日后参考。另外，要注意保护个人隐私信息，避免泄露。最后，如果对查重结果有疑问，可以咨询软件客服或相关专家，及时解决问题。